Decyzję o budowie twierdzy Modlin podjął w 1806 r. Napoleon Bonaparte, a prace rozpoczęto w 1807 r. W 1813 r. stała się rosyjską warownią, a w 1831 r. została włączona w pas twierdz obronnych imperium rosyjskiego i znacznie rozbudowana.
W czasie powstania styczniowego była jednym z głównych więzień carskich. Panowały w niej bardzo ciężkie warunki; wykonywano tam także wyroki śmierci.