Namiestnik Królestwa Polskiego konfirmował wyrok śmierci na Waszkowskiego 15 lutego 1865 roku; 16 lutego orzeczenie sądu ogłoszono w „Dzienniku Warszawskim”. 17 lutego Waszkowskiego powieszono na stokach Cytadeli. Wtedy także wykonano wyrok śmierci na Emanuelu Szafarczyku, naczelniku warszawskich sztyletników.