Aleksander Waszkowski, aresztowany w grudniu 1864 r. i postawiony przed Tymczasową Komisją Wojenno-Śledczą Teodora Tuchołki, początkowo zeznawał bardzo ogólnie, nie podając żadnych nazwisk ani nie zdradzając struktury Organizacji Miejskiej. Dopiero w toku bardzo sprytnie prowadzonego śledztwa udało się śledczym nakłonić go do złożenia na piśmie szczegółowych zeznań. Własnoręcznie spisane zeznania Waszkowskiego (razem z innymi materiałami i zeznaniami w tej sprawie) dotrwały do II wojny światowej, jako część akt Audytoriatu Polowego Wojsk w Królestwie Polskim w Archiwum Akt Dawnych w Warszawie. W 1944 r. Niemcy spalili archiwum, m.in. zasób materiałów źródłowych dotyczących powstania styczniowego, w tym akta komisji śledczych i Audytoriatu Polowego, a wśród nich – zeznania Waszkowskiego. Z zasobu Audytoriatu Polowego udało się uratować jedynie akta sprawy Romualda Traugutta i członków Rządu Narodowego (zob. K. Konarski, Archiwum Główne Akt Dawnych, w: Straty archiwów i bibliotek warszawskich w zakresie rękopiśmiennych źródeł archiwalnych, t. II: Archiwa porozbiorowe i najnowsze, Warszawa 1956, s. 174–179).

O zawartości zeznań Waszkowskiego wiele pisze Henryk Jabłoński, który opracował monografię o ostatnim naczelniku Warszawy jeszcze przed wojną (pierwodruk 1937) i miał okazję badać wszystkie wówczas zachowane akta tej sprawy, w tym własnoręcznie spisane zeznania Waszkowskiego. Jabłoński, wydając ponownie swoją książkę po wojnie, nie podał jednak informacji o spaleniu się tych archiwaliów w 1944 r. (zob. H. Jabłoński, Aleksander Waszkowski: ostatni naczelnik miasta Warszawy w powstaniu 1863–1864, Warszawa 1963).