W początkach sierpnia 1940 r. utworzona została karna kompania, do której początkowo kierowano księży katolickich i nielicznych jeszcze w obozie Żydów. Z czasem mógł do niej trafić każdy więzień. W większości byli to Polacy, także Żydzi i Niemcy, a w 1944 r. również sowieccy jeńcy wojenni. Przyczyną skierowania mogła być np. próba ucieczki, kontakty z ludnością cywilną, nielegalne posiadanie żywności, pieniędzy, dodatkowej odzieży, fotografii bliskich osób, zbyt powolna – zdaniem esesmana – praca itp. Początkowo karna kompania przebywała w obozie macierzystym w bloku 3, później w bloku 11. W maju 1942 r. została przeniesiona do Birkenau na odcinek BIb (blok 1), a w lipcu następnego roku na odcinek BIId (blok 11, później 13). Więźniowie karnej kompanii byli całkowicie izolowani. Nie wolno im było kontaktować się z innymi więźniami ani otrzymywać listów. Wykonywali najcięższe prace fizyczne, przeważnie biegiem. Jednocześnie narażeni byli na ciągłe bicie ze strony esesmanów i więźniów funkcyjnych. Czas osadzenia w karnej kompanii wynosił od miesiąca do roku. W czerwcu 1942 r. więźniowie karnej kompanii podjęli próbę zbiorowej ucieczki, która jednak zakończyła się niepowodzeniem. Na wolność wydostało się tylko 9 spośród nich, natomiast ponad 350 zginęło w wyniku represji. Karna kompania istniała w obozie do czasu jego likwidacji w styczniu 1945 r.

W czerwcu 1942 r. została również utworzona karna kompania dla kobiet. Początkowo więźniarki zostały osadzone w pobliżu podobozu Budy, a na wiosnę 1943 r. przeniesione do Birkenau. Były to głównie Polki i Żydówki, także Niemki. Pracowały one przy oczyszczaniu stawów z mułu i szuwarów, kopaniu rowów, burzeniu domów, budowie dróg. Podczas pracy były narażone na ciągłe bicie. Na początku października 1942 r. pod pretekstem stłumienia rzekomego buntu więźniarki funkcyjne-Niemki zabiły drągami i siekierami około 90 więźniarek – głównie francuskich Żydówek. W lipcu 1944 r. cała kobieca karna kompania została wywieziona do KL Ravensbrück. Więźniarki zostały tam osadzone w blokach wraz z innymi, co było równoznaczne ze zwolnieniem ich z odbywania kary.