W strukturze powstańczych władz narodowych Warszawa pełniła szczególną rolę – jako stolica państwa oraz miejsce, w którym najwcześniej wykształciły się formy organizacyjne ruchu niepodległościowego. Początkowo (od lipca 1862) struktura władz miejskich w Warszawie wyglądała następująco: na czele dziesięciu ludzi stał dziesiętnik, na czele stu – setnik, na czele tysiąca – okręgowy; dwa–trzy okręgi stanowiły wydział z wydziałowym na czele. Wydziałów było cztery, a ponad tą strukturą stał Naczelnik Miasta. Podlegał on Wydziałowi Interesów m. Warszawy Komitetu Centralnego Narodowego. Po wybuchu powstania, kiedy naczelnikiem Warszawy został Stefan Bobrowski, ranga tego urzędu wzrosła. Miasto zostało podzielone na pięć wydziałów i trzynaście okręgów. Jego zwierzchnikiem był Naczelnik Miasta z osobistą kancelarią, podlegający Tymczasowemu Rządowi Narodowemu (którego Bobrowski był przewodniczącym). Kolejne zmiany w konspiracyjnym podziale administracyjnym Warszawy utwierdzały pozycję Naczelnika Miasta – mianowanego przez Rząd Narodowy – jako sprawującego najwyższą władzę w stolicy. Po reformie wprowadzonej przez Karola Majewskiego („Ustawa o organizacji miasta stołecznego Warszawy” z 26 czerwca 1863 r.) naczelnikowi podlegała: Rada Miejska, Biuro Przyboczne, Kasa Miejska, Zarząd Policji Narodowej, Komisja Weryfikacyjna (podatkowa) i Rada Główna Opiekuńcza (zob. Zob. F. Ramotowska, Władze administracji narodowej Powstania Styczniowego 1859–1864, w: Archiwum Główne Akt Dawnych w Warszawie. Przewodnik po zasobie, t. II: Epoka porozbiorowa, red. F. Ramotowska, Warszawa 1998, s. 377–381).

Naczelnikami Miasta Warszawy w czasie trwania powstania styczniowego byli:

– Zygmunt Padlewski (październik 1862–styczeń 1863)

– Stefan Bobrowski (styczeń–kwiecień 1863)

– Tytus Zienkowicz (kwiecień–maj 1863)

– Wacław Przybylski (czerwiec–wrzesień 1863)

– Józef Piotrowski (wrzesień 1863)

– Adolf Pepłowski (październik–listopad 1863)

– Aleksander Waszkowski (grudzień 1863–grudzień 1864)